A ver... Creo que os liais con el orden de los pasos...
Primero: construir el romset COMPLETO de la versión que quieras.
Segundo: con un fichero BAT, copiar las roms que te gustan a otra carpeta (tu filtro personal).
Si intentas corregir las ROMS filtradas por ti, te llenará la carpeta de basura. ¿Por qué? Sencillo: resulta que clrmamepro mira los ficheros que tienes, y si algunos tienen ficheros que se usan en otros juegos (chips que un fabricante pone siempre en sus placas, sea el juego que sea), clrmamepro te crea esos ficheros .ZIP con juegos que tú no quieres. En esos ZIP habrá un sólo fichero, pero ahí estará. Por eso, seguir los pasos que pongo arriba es muy importante.
El problema del espacio, realmente no es tal, porque el romset completo lo tienes en tu PC de casa, donde habitualmente tendrás espacio de sobra (y si no, un HD USB de 1Tb cuesta menos de 50€). El problema suele estar en la recre, o en la raspberry, donde puede que haya problemas y tiene sentido borrar toda la "morralla" que no quieres. Por eso el fichero BAT.
@Mikes, para ponerlo bonito, tienes cosas como emulationstation, que es el frontend que se usa en la mayoría de distros para raspberry. Eso y una skin que permita videos, y a correr. Eso si, es un poco complicado de configurar, pero bueno.
Otra opción, que he usado alguna vez es attract mode. Y luego, Hyperspin, el come recursos y suicida usuarios que intentan configurarlo
. Hay muchos, igual que hay muchas distros linux ya preparadas, pero suelen usar básicamente emulationstation o retroarch. Y, al menos a mi, me han dado problemas de video (se ve que necesitan una tarjeta de video más o menos moderna y compatible, si no, va todo muy lento, o no salen los iconos).
Un saludo.