Correcto pero ¿para medir resistencia no debería estar el multímetro en el modo RX1K?
En cuanto a las demás medidas, suponiendo que el multímetro va bien, los valores son muy bajos entre la tierra y la salida regulada, ahí deberías varios kΩ como mínimo.
Es más probable que se haya ido el STM32F407 que el cristal pero, así a primera vista, algo no me cuadra. El STM32F407 y el módulo Wi-Fi se alimentan desde el regulador que no está, el oscilador del circuito es pasivo, entonces ¿por qué se calientan?